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Les mouches peuvent être un groupe aussi efficace pour polliniser les fleurs que les abeilles (Apoidea apimorphes). Cela a notamment été montré pour la pollinisation des espèces du genre Brassica (chou, navets,…) par Eristalis tenax.
Chez les mouches, les espèces ayant un proboscis (= la « trompe ») court n’exploitent que les fleurs dont le nectar est facilement accessible à savoir les fleurs ouvertes ou fleurs dont la corolle a un tube suffisamment court alors que celle qui ont long proboscis sont capables d’exploiter les fleurs dont la corolle a un tube plus long. On remarquera que ce critère de longueur du proboscis peut être assez constant au sein de la famille ou du sous-ordre (Acroceridae, Cyrtidae et la plupart des Brachycères pour le proboscis court) dans d’autres familles comme les Syrphidae qui sont d’importants pollinisateurs, la longueur du proboscis est variable en fonction des espèces.
On notera que le type de fleurs butinés par les abeilles (Apoidea apimorphes) dépend de la longueur de leur labium (une des parties des pièces buccales), celle-ci a donc une influence similaire à celle de la longueur du proboscis chez les mouches.
Les plantes peuvent attirer les mouches grâce à certaines odeurs comme des odeurs de charogne ou d’excréments, ou encore des odeurs similaires à des feuilles infectées par des champignons. Beaucoup d’espèces de la famille des Aracées émettent des odeurs d’excréments, un exemple nous est donné par le Gouet tacheté (Arum maculatum) qui ,en plus des odeurs (imperceptibles pour l’homme), produit aussi de la chaleur pour attirer des petits moucherons, ceux-ci se retrouveront piégés dans la fleur au moment où les étamines sont fertiles, une fois libérés, ils pourront permettre à la fleur de déposer son pollen, dont ils se seront couverts durant leur captivité, sur d’autres fleurs. Certaines fleurs, notamment certaines Orchidaceae, ont des pétales qui miment l’apparence de la femelle pour attirer le mâle de certaines espèces de Bombyliidae, ces plantes ne donnent pas de nectar à l’insecte. On notera que les orchidaceae utilise le même procédé à l'encontre des abeilles (Apoidea apimorphes).
D’autres paramètres comme les conditions météorologiques peuvent influencer la fréquence des visites des mouches avec des sensibilités qui sont différentes en fonction des groupes de mouches. En effet, si les Syrphidae sont plus actifs quand le soleil brille, les Muscoidae quant à eux sont généralement moins sensibles aux périodes nuageuses ou aux averses.
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